این باشگاه در ده دوره برگزاری این جام در دهه 60، به شش قهرمانی و دو نایبقهرمانی دست یافت. در سال 1366، پرسپولیس در کنار قهرمانی در جام حذفی تهران و جام باشگاههای تهران، موفق به کسب اولین قهرمانی خود در جام حذفی ایران هم شد تا در یک سال 3 جام بگیرد.
با آغاز جنگ ایران و عراق و دهه 1360، لیگ فوتبال سراسری ایران همچنان تعطیل بود (تا سال 1368 که جام قدس برگزار گردید) و پرسپولیس تنها در جام باشگاههای تهران شرکت میکرد. در تمام سال های دهه 60، پرسپولیس با علی پروین به اغلب آن چیزی که میخواست رسید. همچنین طبق گزارش کنفدراسیون فوتبال آسیا، پرسپولیس بهعنوان پرهوادارترین تیم فوتبال آسیا شناخته شدهاست و پس از آن دالیان چین و الهلال عربستان در رتبههای بعدی قرار دارند.
تیم پرسپولیس
پرسپولیس از آغاز تاریخ خود 14 بار قهرمان لیگ برتر، 6 بار قهرمان جام حذفی و 4 بار قهرمان سوپرکاپ شده است. رقیب سنتی پرسپولیس، تیم استقلال است که از مسابقات آنها به نام دربی پایتخت یاد میشود. پرسپولیس در لیگ خلیج فارس بازی میکند و پس از سال ۱۳۴۷، در تمامی ادوار برگزارشده در بالاترین سطح لیگ فوتبال ایران حضور داشتهاست و تنها تیم باشگاهی فوتبال ایران است که هرگز به دسته پایینتر سقوط نکردهاست.
کمیته انضباطی رأی خود را در خصوص تخلفات سرمربی باشگاه استقلال تهران در دربی ۱۰۱ پایتخت صادر کرد. در سال 1377 پرسپولیس مجدد قهرمان شد ولی مهمترین اتفاق برای پرسپولیس در این سال نه قهرمانی در لیگ که بازگشت پروین بود.
زمان اعلام نتایج قرعه کشی سایپا
محمد عمری میگوید پیشنهاد خارجی دارد اما تا به پرسپولیس کمک نکرده، دوست ندارد اردوگاه سرخ را ترک کند. پس از کش و قوس های فراوان در شهریور 1395 کمیسیون نام ها در اداره کل ورزش و جوانان تهران بار دیگر نام پرسپولیس را برای این باشگاه به رسمیت شناخت. 9 مهر 1394 بر اثر ایست قلبی، کاپیتان پرسپولیس در گذشت تا پس از آن در دقیقه 24 هر بازی، هواداران یاد 24 ابدی پرسپولیس را گرامی بدارند. مربی اسپانیایی پرسپولیس کسب سهگانه را اتفاقی باشکوه برای هواداران پرسپولیس دانست.
طی این سال ها علی پروین و چند نفر از دیگر همبازیانش سعی در حفظ پرسپولیس داشتند. کمک داور ذخیره دیدار تیمهای استقلال و پرسپولیس در فینال جام حذفی به تشریح درگیریاش با ریکاردو ساپینتو پرداخت و گفت که سرمربی آبیپوشان ناشرا گفته است. تیم پرسپولیس برای قهرمانی بدون اما و اگر، تنها به یک امتیاز احتیاج داشت و سپاهان باید ضمن کسب 3 امتیاز، منتظر نتیجه بازی پرسپولیس میماند و در صورت شکست پرسپولیس، شاگردان امیر قلعه نویی قهرمان میشدند. سرمربی جامدار پرسپولیس، فقط سه پیروزی دیگر تا ۱۰۰ تایی شدن پیروزیهایش تحت این عنوان فاصله دارد و در این صورت از رکورد برانکو ایوانکوویچ هم گذر خواهد کرد. یحیی گلمحمدی امسال با پرسپولیس دبل کرد تا اتوماتیکوار قهرمانی سوپرجام ایران هم به پرسپولیس برسد. مدافع باتجربه پرسپولیس پس از عملکرد درخشان در جمع سرخپوشان به اردوی تیم ملی فوتبال گرجستان دعوت شد.
یازدهمین دوره جام خلیج فارس برای پرسپولیس با رتبه دوازدهمی به پایان رسید. دنیزلی در نیم فصل سال ۱۳۹۰ با قراردادی یک سال و نیمه به باشگاه فوتبال پرسپولیس پیوست. در سال های ملتهب پرسپولیس، لیگ دوازدهم با مانوئل ژوزه شروع و در انتهای فصل با یحیی گل محمدی در رتبه هفتم به پایان رسید و پس از تساوی مقابل نفت تهران در هفته بیست و پنجم، از پرسپولیس کنار گذاشته شد. 3 قهرمانی متوالی در لیگ، راهیابی به فینال آسیا با وجود محرومیت از نقل و انتقالات و یک قهرمانی در جام حذفی از افتخارات پرفسور با پرسپولیس میباشد. در پایان لیگ هجدهم، برانکو با کسب دوگانه از پرسپولیس جدا شد و گابریل کالدرون آرژانتینی جانشین وی گشت.